Trong tương lai xa, loài người đã bị đẩy đến bờ vực tuyệt chủng bởi những con thú khổng lồ được gọi là Klaxosaurs, buộc những người sống sót phải ẩn náu trong các thành phố pháo đài khổng lồ được gọi là Đồn điền. Trẻ em lớn lên ở đây được huấn luyện để điều khiển những cỗ máy khổng lồ được gọi là FranXX vũ khí duy nhất được biết là có hiệu quả chống lại Klaxosaurs theo cặp nam nữ.
